A Unidade A é um setor do Hospital Pequeno Anjo que, por meio de convênios particulares ou privados, atende crianças de 0 a 14 anos completos e dispõe de 17 leitos, subdivididos em:
Apartamento: acomodação individual grande com banheiro, sofá, frigobar, poltrona, ar condicionado e TV a cabo.
Apartamento Standart: acomodação individual com banheiro, frigobar, sofá, ar condicionado e TV a cabo.
Semiprivativos: acomodação coletiva com banheiro, frigobar, ar condicionado e TV a cabo.
Além da equipe médica e de enfermagem, a unidade disponibiliza uma equipe multidisciplinar composta por fisioterapeuta, assistente social, nutricionista, fonoaudióloga e psicóloga.
A Unidade B é um setor do Hospital Pequeno Anjo que atende, por meio do Sistema Único de Saúde (SUS), crianças de 0 a 14 anos completos.
Os leitos são divididos em três clínicas médicas: 40 leitos para clínica médica aos que necessitam atendimento médico; 12 leitos para clínica cirúrgica aos que necessitam de assistência direta, programada ou não, dependendo da gravidade ou complexidade do caso; 8 leitos para internação de psiquiatria.
As acomodações são coletivas e cada quarto possui banheiro, ar condicionado e TV a cabo.
A Unidade de Tratamento Intensivo (UTI) dispõe de 20 leitos. Essa unidade do hospital é responsável pelo atendimento de pacientes que apresentam um quadro crítico de saúde e que necessitam de um acompanhamento intensivo. Ao total são 13 médicos em escala, 9 enfermeiros, 6 fisioterapeutas e 40 técnicos em enfermagem que acompanham e monitoram todos os pacientes desta área. A UTI é equipada com monitores completos, respiradores, desfibriladores, raio-x portátil, incubadoras, berços aquecidos, eletrocardiograma, ecocardiograma, entre outros equipamentos.
O Centro Cirúrgico dispõe de estrutura para realização de cirurgias de alta, média e baixa complexidade, e para isso, conta com uma equipe de médicos cirurgiões, anestesistas, enfermeiros e técnicos de enfermagem. Na unidade, são disponibilizadas duas salas para realizar procedimentos cirúrgicos e mais três leitos de recuperação anestésica.
Atualmente, o hospital conta com sobreaviso de cirurgia pediátrica, neurologia, ortopedia e traumatologia e anestesiologia.
O Pronto Socorro do Hospital Pequeno Anjo possui uma equipe de médicos plantonistas, enfermeiros e técnicos de enfermagem disponíveis 24 horas por dia. Esse setor dispõe de uma sala com nove leitos de observação, uma sala para procedimentos mais simples, uma sala de urgência e emergência e quatro consultórios médicos.
Em alguns horários também há a presença de acadêmicos do curso de Medicina, acompanhados pelo médico plantonista e médicos residentes.
A Central de Material e Esterilização é uma unidade centralizada que recebe, prepara, esteriliza, guarda e distribui materiais que serão utilizados nos pacientes atendidos pelo hospital. Enfermeiros e técnicos em enfermagem estão disponíveis 24 horas por dia neste setor.